Las Instancias Directivas de la Federación de Profesores Universitarios de Venezuela son las siguientes: el Consejo Superior; la Junta Directiva y el Comité Ejecutivo.

El Consejo Superior es la máxima instancia directiva de la Federación y está constituido por la Junta Directiva de la Federación, los delegados representantes de las Asociaciones de Profesores y los ex-presidentes de la Federación.

La Junta Directiva de la Federación la integran: los presidentes de las Juntas Directivas de las Asociaciones miembros y los miembros del Comité Ejecutivo.

El Comité Ejecutivo de la Federación está integrado por siete miembros principales: Presidente; Vicepresidente; Tesorero; Secretario de Actas, Memoria e Información; Secretario de Seguridad Social; Secretario de Asuntos Académicos y Secretario de Cultura, Deportes y Recreación.

Así mismo, dentro de las instancias que forman parte de la Estructura Organizativa de la Federación, tenemos los siguientes cargos institucionales: Comisario, Fiscal, Miembros del Tribunal Disciplinario y Miembros de la Comisión Electoral